Oorspronkelijk project (1996)
'Ophelderen 3-D organisatie van de interfase kern van de Indiase Muntjac'

De bedoeling was om door middel van 'chromosome painting' (een vorm van fluorescente in situ hybridisatie - FISH) individuele chromosomen (met probes van Muntjac-materiaal) of grote delen van chromosomen (met probes van humaan materiaal) in gefixeerde kernen zichtbaar te maken. De Indiase Muntjac heeft de grootste chromosomen bekend bij zoogdieren. Drie dimensionale opnamen gemaakt met de confocale scanning microscoop zouden geanalyseerd worden met deels zelf-ontwikkelde 3-D analyse software. In interfase kernen was het echter niet mogelijk delen van individuele chromosomen te onderscheiden, controles op metafase chromosomen en op humaan materiaal waren wel succesvol. Onze conclusie was dat de gekozen techniek, met de voor ons beschikbare probes, niet geschikt is voor interfase kernen.

Uiteindelijk project (1998)
'Dynamiek en organisatie van het replicerende chromoom van Escherichia coli gedurende de cel-cyclus'

Door middel van FISH zijn drie gebieden op het chromosoom van de bacterie E. coli zichtbaar gemaakt. Hiervan zijn microscopische opnamen gemaakt en in 500 cellen of meer is gemeten waar deze gebieden zich bevinden. Regressie-analyse en het vergelijken met computer gesimuleerde data heeft ons nieuwe inzichten gegeven over de dynamiek en organisatie van DNA in bacteriën.

Opgedane ervaring

Technieken
Celkweek van fibroblasten
Fluorescente in situ hybridisatie
Chromosoom en DNA isolatie
(Confocale) microscopie

Analyse
(3-D) beeldanalyse
Statistiek (o.a. regressie-analyse in het computer-programma SPSS)
Modelleren en computer simulatie

Neem contact met me op door een e-mail te sturen naar:
m.roos@amc.uva.nl (voorheen roos@science.uva.nl)